Muunto-hankkeen toiminta pohjautuu haittojen vähentämiseen ja huumausaineita käyttävien ihmisten ihmisoikeuksien kunnioittamiseen.  

Haittojen vähentämisellä tarkoitetaan sekä päihdepoliittista ajattelutapaa että päihdetyön käytäntöjä. Haittoja vähentävä ajattelu lähtee siitä, että huumeiden käyttö on väistämätön osa yhteiskuntaamme. Tämän vuoksi päihdepolitiikan tulisi keskittyä vähentämään niiden käytön aiheuttamia terveydellisiä, sosiaalisia ja taloudellisia haittoja.  

Tunnettuja esimerkkejä haittoja vähentävistä käytännöistä ovat esimerkiksi terveysneuvontapisteiden tekemä pistovälineiden vaihto, opioidikorvaushoito ja valvotut käyttötilat. Myös päihdetyöhön integroitu drug checking -ainetunnistus on tapa vähentää päihteiden käyttöön liittyviä riskejä ja haittoja. 

Haittojen vähentämisen keskeisenä lähtökohtana toimii huumeita käyttävien ihmisten ihmisoikeuksien kunnioittaminen. Huumeita käyttäviin ihmisiin tulisi suhtautua täysivaltaisina kansalaisina ja yhteisön jäseninä, joilla on kykyä arvioida omia päätöksiään ja niiden seurauksia. 

Huumeiden käyttö itsessään ei tee kenestäkään sairasta tai poikkeavaa. Sen sijaan yhteiskunnalliset käytännöt voivat syrjäyttää. Muunto-hankkeen ja A-klinikkasäätiön kanta on, ettei huumeiden käytöstä tulisi rangaista.